 При записи загрузочной флешки с помощью Rufus вы можете столкнуться с появлением окна предупреждения: «Важно: на этом диске несколько разделов! Этот диск может содержать разделы/тома, которые отсутствуют в списке или даже не видны в Windows. В случае продолжения вы несёте ответственность за любую потерю данных на этих разделах».
При записи загрузочной флешки с помощью Rufus вы можете столкнуться с появлением окна предупреждения: «Важно: на этом диске несколько разделов! Этот диск может содержать разделы/тома, которые отсутствуют в списке или даже не видны в Windows. В случае продолжения вы несёте ответственность за любую потерю данных на этих разделах».
В этом материале для начинающих о том, что означает такое предупреждение и возможных вариантах действий. На близкую тему: Обнаружен отозванный загрузчик UEFI в Rufus — что делать?
Накопители с несколькими разделами и взаимодействие Rufus с ними
Накопители: жесткие диски, SSD и другие могут иметь более одного раздела с данными, например, вы могли встречать информацию о том, что один SSD можно «разделить» на диск C и D. То же самое касается и флешек или других съёмных накопителей.

При этом в некоторых случаях вы можете даже не знать о том, что накопителе есть несколько разделов: например, разделы с загрузчиком часто скрыты от глаз пользователя, не имеют буквы и не видны в Проводнике.
Программы создания загрузочных установочных накопителей и, в частности, Rufus, при записи полностью очищают все разделы на диске: то есть удаляются все данные со всех разделов физического диска и сами разделы, после чего создаёт новую структуру разделов.
Именно по этой причине вы видите предупреждение «Этот диск может содержать разделы/тома, которые отсутствуют в списке или даже не видны в Windows». Например, некоторые пользователи используют внешний диск, разделенный на два раздела в качестве «загрузочной флешки» и могут предполагать, что если не трогать раздел с данными, то с ними всё будет в порядке. Rufus предупреждает, что в нём — не будет.
Для накопителей, разделам которым назначены буквы вы увидите список этих букв прямо в окне Rufus:

На некоторых же флешках букву может иметь только один раздел с данными, а раздел с загрузчиком (например, после предыдущего создания загрузочной флешки в этой или другой программе) быть скрытым. В этом случае в Rufus будет отображаться лишь одна буква, но перед стартом записи вы увидите рассматриваемое сообщение с предупреждением.
Увидеть разделы накопителя вы можете, например, в «Управлении дисками» Windows (правый клик по кнопке «Пуск» — «Управление дисками»):

Варианты действий
В общем случае, если вы уверены, что на всём физическом накопителе, например, USB-флешке, нет ничего важного, что нужно сохранить, просто нажмите кнопку «Ок» в окне с предупреждением для запуска процесса создания загрузочной флешки. При желании вы можете и вручную удалить разделы с флешке, но в данном контексте это обычно не требуется.
Если же такие данные есть на одном из разделов диска, учитывайте, что они будут удалены вместе с разделом и либо предпримите действия для их сохранения в другом расположении, либо подберите другой накопитель для задачи.